Bug 17486 - DBRev 16.12.00.003
[srvgit] / installer / data / mysql / updatedatabase.pl
index 9ad6866..91cda76 100755 (executable)
@@ -47,7 +47,7 @@ use MARC::File::XML ( BinaryEncoding => 'utf8' );
 
 use File::Path qw[remove_tree]; # perl core module
 use File::Spec;
-use Path::Tiny;
+use File::Slurp;
 
 # FIXME - The user might be installing a new database, so can't rely
 # on /etc/koha.conf anyway.
@@ -8476,6 +8476,7 @@ $DBversion = "3.15.00.049";
 if ( C4::Context->preference("Version") < TransformToNum($DBversion) ) {
     $dbh->do("ALTER TABLE biblioitems DROP INDEX isbn");
     $dbh->do("ALTER TABLE biblioitems DROP INDEX issn");
+    $dbh->do("ALTER TABLE biblioitems DROP INDEX issn_idx");
     $dbh->do("ALTER TABLE biblioitems
               CHANGE isbn isbn MEDIUMTEXT NULL DEFAULT NULL,
               CHANGE issn issn MEDIUMTEXT NULL DEFAULT NULL
@@ -9735,6 +9736,7 @@ if ( CheckVersion($DBversion) ) {
                     MODIFY COLUMN seealso varchar(1100) COLLATE utf8_unicode_ci DEFAULT NULL,
                     MODIFY COLUMN link varchar(80) COLLATE utf8_unicode_ci DEFAULT NULL
                 |);
+                $dbh->do(qq|ALTER TABLE $name CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_unicode_ci|);
             }
             else {
                 $dbh->do(qq|ALTER TABLE $name CONVERT TO CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_unicode_ci|);
@@ -10420,15 +10422,21 @@ if ( CheckVersion($DBversion) ) {
 
 $DBversion = "3.19.00.041";
 if ( CheckVersion($DBversion) ) {
-    $dbh->do(q|
-        ALTER IGNORE TABLE suggestions ADD KEY status (STATUS)
-    |);
-    $dbh->do(q|
-        ALTER IGNORE TABLE suggestions ADD KEY biblionumber (biblionumber)
-    |);
-    $dbh->do(q|
-        ALTER IGNORE TABLE suggestions ADD KEY branchcode (branchcode)
-    |);
+    unless ( index_exists( 'suggestions', 'status' ) ) {
+        $dbh->do(q|
+            ALTER TABLE suggestions ADD KEY status (STATUS)
+        |);
+    }
+    unless ( index_exists( 'suggestions', 'biblionumber' ) ) {
+        $dbh->do(q|
+            ALTER TABLE suggestions ADD KEY biblionumber (biblionumber)
+        |);
+    }
+    unless ( index_exists( 'suggestions', 'branchcode' ) ) {
+        $dbh->do(q|
+            ALTER TABLE suggestions ADD KEY branchcode (branchcode)
+        |);
+    }
     print "Upgrade to $DBversion done (Bug 14132: suggestions table is missing indexes)\n";
     SetVersion ($DBversion);
 }
@@ -10442,12 +10450,14 @@ if ( CheckVersion($DBversion) ) {
         WHERE auth_types.authtypecode IS NULL
     });
 
-    $dbh->do(q{
-        ALTER IGNORE TABLE auth_subfield_structure
-        ADD CONSTRAINT auth_subfield_structure_ibfk_1
-        FOREIGN KEY (authtypecode) REFERENCES auth_types(authtypecode)
-        ON DELETE CASCADE ON UPDATE CASCADE
-    });
+    unless ( foreign_key_exists( 'auth_subfield_structure', 'auth_subfield_structure_ibfk_1' ) ) {
+        $dbh->do(q{
+            ALTER TABLE auth_subfield_structure
+            ADD CONSTRAINT auth_subfield_structure_ibfk_1
+            FOREIGN KEY (authtypecode) REFERENCES auth_types(authtypecode)
+            ON DELETE CASCADE ON UPDATE CASCADE
+        });
+    }
 
     print "Upgrade to $DBversion done (Bug 8480: Add foreign key on auth_subfield_structure.authtypecode)\n";
     SetVersion($DBversion);
@@ -10563,31 +10573,58 @@ if ( CheckVersion($DBversion) ) {
 
 $DBversion = "3.21.00.007";
 if ( CheckVersion($DBversion) ) {
-    $dbh->do(q|
-        ALTER IGNORE TABLE aqbasket
-            ADD KEY authorisedby (authorisedby)
-    |);
-    $dbh->do(q|
-        ALTER IGNORE TABLE aqbooksellers
-            ADD KEY name (name(255))
-    |);
-    $dbh->do(q|
-        ALTER IGNORE TABLE aqbudgets
-            ADD KEY budget_parent_id (budget_parent_id),
-            ADD KEY budget_code (budget_code),
-            ADD KEY budget_branchcode (budget_branchcode),
-            ADD KEY budget_period_id (budget_period_id),
-            ADD KEY budget_owner_id (budget_owner_id)
-    |);
-    $dbh->do(q|
-        ALTER IGNORE TABLE aqbudgets_planning
-            ADD KEY budget_period_id (budget_period_id)
-    |);
-    $dbh->do(q|
-        ALTER IGNORE TABLE aqorders
-            ADD KEY parent_ordernumber (parent_ordernumber),
-            ADD KEY orderstatus (orderstatus)
-    |);
+    unless ( index_exists( 'aqbasket', 'authorisedby' ) ) {
+        $dbh->do(q|
+            ALTER TABLE aqbasket
+                ADD KEY authorisedby (authorisedby)
+        |);
+    }
+    unless ( index_exists( 'aqbooksellers', 'name' ) ) {
+        $dbh->do(q|
+            ALTER TABLE aqbooksellers
+                ADD KEY name (name(255))
+        |);
+    }
+    unless ( index_exists( 'aqbudgets', 'budget_parent_id' ) ) {
+        $dbh->do(q|
+            ALTER TABLE aqbudgets
+                ADD KEY budget_parent_id (budget_parent_id)|);
+        }
+    unless ( index_exists( 'aqbudgets', 'budget_code' ) ) {
+        $dbh->do(q|
+            ALTER TABLE aqbudgets
+                ADD KEY budget_code (budget_code)|);
+    }
+    unless ( index_exists( 'aqbudgets', 'budget_branchcode' ) ) {
+        $dbh->do(q|
+            ALTER TABLE aqbudgets
+                ADD KEY budget_branchcode (budget_branchcode)|);
+    }
+    unless ( index_exists( 'aqbudgets', 'budget_period_id' ) ) {
+        $dbh->do(q|
+            ALTER TABLE aqbudgets
+                ADD KEY budget_period_id (budget_period_id)|);
+    }
+    unless ( index_exists( 'aqbudgets', 'budget_owner_id' ) ) {
+        $dbh->do(q|
+            ALTER TABLE aqbudgets
+                ADD KEY budget_owner_id (budget_owner_id)|);
+    }
+    unless ( index_exists( 'aqbudgets_planning', 'budget_period_id' ) ) {
+        $dbh->do(q|
+            ALTER TABLE aqbudgets_planning
+                ADD KEY budget_period_id (budget_period_id)|);
+    }
+    unless ( index_exists( 'aqorders', 'parent_ordernumber' ) ) {
+        $dbh->do(q|
+            ALTER TABLE aqorders
+                ADD KEY parent_ordernumber (parent_ordernumber)|);
+    }
+    unless ( index_exists( 'aqorders', 'orderstatus' ) ) {
+        $dbh->do(q|
+            ALTER TABLE aqorders
+                ADD KEY orderstatus (orderstatus)|);
+    }
     print "Upgrade to $DBversion done (Bug 14053: Acquisition db tables are missing indexes)\n";
     SetVersion ($DBversion);
 }
@@ -10688,9 +10725,12 @@ if ( CheckVersion($DBversion) ) {
         INSERT IGNORE INTO systempreferences (variable,value,explanation,options,type)
         VALUES ('OAI-PMH:DeletedRecord','persistent','Koha\'s deletedbiblio table will never be deleted (persistent) or might be deleted (transient)','transient|persistent','Choice')
     });
-    $dbh->do(q|
-        ALTER TABLE oai_sets_biblios DROP FOREIGN KEY oai_sets_biblios_ibfk_1
-    |);
+
+    if ( foreign_key_exists( 'oai_sets_biblios', 'oai_sets_biblios_ibfk_1' ) ) {
+        $dbh->do(q|
+            ALTER TABLE oai_sets_biblios DROP FOREIGN KEY oai_sets_biblios_ibfk_1
+        |);
+    }
     print "Upgrade to $DBversion done (Bug 3206: OAI repository deleted record support)\n";
     SetVersion ($DBversion);
 }
@@ -10771,12 +10811,14 @@ if ( CheckVersion($DBversion) ) {
 
 $DBversion = "3.21.00.019";
 if ( CheckVersion($DBversion) ) {
-    $dbh->do(q{
-        ALTER TABLE reserves DROP constrainttype
-    });
-    $dbh->do(q{
-        ALTER TABLE old_reserves DROP constrainttype
-    });
+    if ( column_exists( 'reserves', 'constrainttype' ) ) {
+        $dbh->do(q{
+            ALTER TABLE reserves DROP constrainttype
+        });
+        $dbh->do(q{
+            ALTER TABLE old_reserves DROP constrainttype
+        });
+    }
     $dbh->do(q{
         DROP TABLE IF EXISTS reserveconstraints
     });
@@ -10816,12 +10858,14 @@ if ( CheckVersion($DBversion) ) {
     my ($print_error) = $dbh->{PrintError};
     $dbh->{RaiseError} = 0;
     $dbh->{PrintError} = 0;
-    $dbh->do(q{ALTER TABLE course_reserves DROP FOREIGN KEY course_reserves_ibfk_2});
-    $dbh->do(q{ALTER TABLE course_reserves DROP INDEX course_reserves_ibfk_2});
+    if ( foreign_key_exists('course_reserves', 'course_reserves_ibfk_2') ) {
+        $dbh->do(q{ALTER TABLE course_reserves DROP FOREIGN KEY course_reserves_ibfk_2});
+        $dbh->do(q{ALTER TABLE course_reserves DROP INDEX course_reserves_ibfk_2});
+    }
     $dbh->{PrintError} = $print_error;
 
     $dbh->do(q{
-        ALTER IGNORE TABLE course_reserves
+        ALTER TABLE course_reserves
             ADD CONSTRAINT course_reserves_ibfk_2
                 FOREIGN KEY (ci_id) REFERENCES course_items (ci_id)
                 ON DELETE CASCADE ON UPDATE CASCADE
@@ -10915,28 +10959,32 @@ if ( CheckVersion($DBversion) ) {
 
 $DBversion = "3.21.00.028";
 if ( CheckVersion($DBversion) ) {
-    $dbh->do(q{
-        ALTER TABLE uploaded_files
-            ADD COLUMN public tinyint,
-            ADD COLUMN permanent tinyint
-    });
-    $dbh->do(q{
-        UPDATE uploaded_files SET public=1, permanent=1
-    });
-    $dbh->do(q{
-        ALTER TABLE uploaded_files
-            CHANGE COLUMN categorycode uploadcategorycode tinytext
-    });
+    unless ( column_exists('uploaded_files', 'public') ) {
+        $dbh->do(q{
+            ALTER TABLE uploaded_files
+                ADD COLUMN public tinyint,
+                ADD COLUMN permanent tinyint
+        });
+        $dbh->do(q{
+            UPDATE uploaded_files SET public=1, permanent=1
+        });
+        $dbh->do(q{
+            ALTER TABLE uploaded_files
+                CHANGE COLUMN categorycode uploadcategorycode tinytext
+        });
+    }
     print "Upgrade to $DBversion done (Bug 14321: Merge UploadedFile and UploadedFiles into Koha::Upload)\n";
     SetVersion($DBversion);
 }
 
 $DBversion = "3.21.00.029";
 if ( CheckVersion($DBversion) ) {
-    $dbh->do(q{
-        ALTER IGNORE TABLE discharges
-            ADD COLUMN discharge_id int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY FIRST
-    });
+    unless ( column_exists('discharges', 'discharge_id') ) {
+        $dbh->do(q{
+            ALTER TABLE discharges
+                ADD COLUMN discharge_id int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY FIRST
+        });
+    }
     print "Upgrade to $DBversion done (Bug 14368: Add discharges history)\n";
     SetVersion($DBversion);
 }
@@ -11474,13 +11522,12 @@ if ( C4::Context->preference("Version") < TransformToNum($DBversion) ) {
 
     my $sth2 = $dbh->prepare("SELECT * FROM subscription_numberpatterns WHERE id = ?");
 
-    my $sth3 = $dbh->prepare("UPDATE serials SET serialseq_x = ?, serialseq_y = ?, serialseq_z = ? WHERE serialid = ?");
+    my $sth3 = $dbh->prepare("UPDATE serial SET serialseq_x = ?, serialseq_y = ?, serialseq_z = ? WHERE serialid = ?");
 
     foreach my $subscription ( $sth->fetchrow_hashref() ) {
         next if !defined($subscription);
-        my $number_pattern = $subscription->numberpattern();
         $sth2->execute( $subscription->{numberpattern} );
-        $number_pattern = $sth2->fetchrow_hashref();
+        my $number_pattern = $sth2->fetchrow_hashref();
 
         my $numbering_method = $number_pattern->{numberingmethod};
         # Get all the data between the enumeration values, we need
@@ -12982,12 +13029,14 @@ if ( CheckVersion($DBversion) ) {
 
 $DBversion = "16.06.00.027";
 if ( CheckVersion($DBversion) ) {
-    $dbh->do(q{
-        ALTER IGNORE TABLE borrowers ADD COLUMN lastseen datetime default NULL AFTER updated_on;
-    });
-    $dbh->do(q{
-        ALTER IGNORE TABLE deletedborrowers ADD COLUMN lastseen datetime default NULL AFTER updated_on;
-    });
+    unless ( column_exists('borrowers', 'lastseen') ) {
+        $dbh->do(q{
+            ALTER TABLE borrowers ADD COLUMN lastseen datetime default NULL AFTER updated_on;
+        });
+        $dbh->do(q{
+            ALTER TABLE deletedborrowers ADD COLUMN lastseen datetime default NULL AFTER updated_on;
+        });
+    }
     $dbh->do(q{
         INSERT IGNORE INTO systempreferences (variable,value,explanation,options,type) VALUES ('TrackLastPatronActivity', '0', 'If set, the field borrowers.lastseen will be updated everytime a patron is seen', NULL, 'YesNo');
     });
@@ -13171,6 +13220,13 @@ if ( CheckVersion($DBversion) ) {
             UPDATE marc_subfield_structure SET authorised_value = NULL WHERE authorised_value = ';';
             });
 
+    # If the DB has been created before 3.19.00.006, the default collate for marc_subfield_structure if not set to utf8_unicode_ci and the new FK will not be create (MariaDB or MySQL will raise err 150)
+    my $table_sth = $dbh->prepare(qq|SHOW CREATE TABLE marc_subfield_structure|);
+    $table_sth->execute;
+    my @table = $table_sth->fetchrow_array;
+    if ( $table[1] !~ /COLLATE=utf8_unicode_ci/ and $table[1] !~ /COLLATE=utf8mb4_unicode_ci/ ) { #catches utf8mb4 collated tables
+        $dbh->do(qq|ALTER TABLE marc_subfield_structure CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_unicode_ci|);
+    }
     $dbh->do(q{
             ALTER TABLE marc_subfield_structure
             MODIFY COLUMN authorised_value VARCHAR(32) DEFAULT NULL,
@@ -13344,22 +13400,33 @@ if ( CheckVersion($DBversion) ) {
     SetVersion($DBversion);
 }
 
-$DBversion = "3.23.00.XXX";
-if ( CheckVersion($DBversion) ) {
-
-    $sth = $dbh->prepare(q{
-     SELECT s.itemnumber, i.itype, b.itemtype FROM
-      ( SELECT DISTINCT itemnumber
-        FROM statistics
-        WHERE type="return" AND itemtype IS NULL ) s
-      LEFT JOIN
-      ( SELECT itemnumber,biblionumber, itype
-        FROM items ) i
-      ON (s.itemnumber=i.itemnumber)
-      LEFT JOIN
-      ( SELECT biblionumber, itemtype
-        FROM biblioitems ) b
-      ON (i.biblionumber=b.biblionumber)
+$DBversion = "16.06.00.039";
+if ( CheckVersion($DBversion) ) {
+
+    my $sth = $dbh->prepare(q{
+        SELECT s.itemnumber, i.itype, b.itemtype
+        FROM
+         ( SELECT DISTINCT itemnumber
+           FROM statistics
+           WHERE ( type = "return" OR type = "localuse" ) AND
+                 itemtype IS NULL
+         ) s
+        LEFT JOIN
+         ( SELECT itemnumber,biblionumber, itype
+             FROM items
+           UNION
+           SELECT itemnumber,biblionumber, itype
+             FROM deleteditems
+         ) i
+        ON (s.itemnumber=i.itemnumber)
+        LEFT JOIN
+         ( SELECT biblionumber, itemtype
+             FROM biblioitems
+           UNION
+           SELECT biblionumber, itemtype
+             FROM deletedbiblioitems
+         ) b
+        ON (i.biblionumber=b.biblionumber);
     });
     $sth->execute();
 
@@ -13384,6 +13451,343 @@ if ( CheckVersion($DBversion) ) {
     SetVersion($DBversion);
 }
 
+$DBversion = '16.06.00.040';
+if ( CheckVersion($DBversion) ) {
+    $dbh->do(q{
+        ALTER TABLE `aqcontacts` ADD `orderacquisition` BOOLEAN NOT NULL DEFAULT 0 AFTER `notes`;
+    });
+    $dbh->do(q{
+        INSERT IGNORE INTO `letter` (module, code, name, title, content, message_transport_type) VALUES
+        ('orderacquisition','ACQORDER','Acquisition order','Order','<<aqbooksellers.name>>\r\n<<aqbooksellers.address1>>\r\n<<aqbooksellers.address2>>\r\n<<aqbooksellers.address3>>\r\n<<aqbooksellers.address4>>\r\n<<aqbooksellers.phone>>\r\n\r\nPlease order for the library:\r\n\r\n<order>Ordernumber <<aqorders.ordernumber>> (<<biblio.title>>) (quantity: <<aqorders.quantity>>) ($<<aqorders.listprice>> each).</order>\r\n\r\nThank you,\n\n<<branches.branchname>>', 'email');
+    });
+
+    print "Upgrade to $DBversion done (Bug 5260 - Add option to send an order by e-mail to the acquisition module)\n";
+    SetVersion($DBversion);
+}
+
+$DBversion = '16.06.00.041';
+if ( CheckVersion($DBversion) ) {
+    $dbh->do(q{
+        INSERT IGNORE INTO systempreferences (variable,value,explanation,options,type) VALUES ('AggressiveMatchOnISSN','0','If enabled, attempt to match aggressively by trying all variations of the ISSNs in the imported record as a phrase in the ISSN fields of already cataloged records when matching on ISSN with the record import tool','','YesNo')
+    });
+
+    print "Upgrade to $DBversion done (Bug 14629 - Add aggressive ISSN matching feature equivalent to the aggressive ISBN matcher)\n";
+    SetVersion($DBversion);
+}
+
+$DBversion = '16.06.00.042';
+if ( CheckVersion($DBversion) ) {
+    $dbh->do(q|
+        ALTER TABLE aqorders
+            ADD COLUMN unitprice_tax_excluded decimal(28,6) default NULL AFTER unitprice,
+            ADD COLUMN unitprice_tax_included decimal(28,6) default NULL AFTER unitprice_tax_excluded,
+            ADD COLUMN rrp_tax_excluded decimal(28,6) default NULL AFTER rrp,
+            ADD COLUMN rrp_tax_included decimal(28,6) default NULL AFTER rrp_tax_excluded,
+            ADD COLUMN ecost_tax_excluded decimal(28,6) default NULL AFTER ecost,
+            ADD COLUMN ecost_tax_included decimal(28,6) default NULL AFTER ecost_tax_excluded,
+            ADD COLUMN tax_value decimal(6,4) default NULL AFTER gstrate
+    |);
+
+    # rename gstrate with tax_rate
+    $dbh->do(q|ALTER TABLE aqorders CHANGE COLUMN gstrate tax_rate decimal(6,4) DEFAULT NULL|);
+    $dbh->do(q|ALTER TABLE aqbooksellers CHANGE COLUMN gstrate tax_rate decimal(6,4) DEFAULT NULL|);
+
+    # Fill the new columns
+    my $orders = $dbh->selectall_arrayref(q|
+        SELECT * FROM aqorders
+    |, { Slice => {} } );
+
+    my $sth_update_order = $dbh->prepare(q|
+        UPDATE aqorders
+        SET unitprice_tax_excluded = ?,
+            unitprice_tax_included = ?,
+            rrp_tax_excluded = ?,
+            rrp_tax_included = ?,
+            ecost_tax_excluded = ?,
+            ecost_tax_included = ?,
+            tax_value = ?
+        WHERE ordernumber = ?
+    |);
+
+    my $sth_get_bookseller = $dbh->prepare(q|
+        SELECT aqbooksellers.*
+        FROM aqbooksellers
+        LEFT JOIN aqbasket ON aqbasket.booksellerid = aqbooksellers.id
+        LEFT JOIN aqorders ON aqorders.basketno = aqbasket.basketno
+        WHERE ordernumber = ?
+    |);
+
+    require Koha::Number::Price;
+    for my $order ( @$orders ) {
+        $sth_get_bookseller->execute( $order->{ordernumber} );
+        my ( $bookseller ) = $sth_get_bookseller->fetchrow_hashref;
+        $order->{rrp}   = Koha::Number::Price->new( $order->{rrp} )->round;
+        $order->{ecost} = Koha::Number::Price->new( $order->{ecost} )->round;
+        $order->{tax_rate} ||= 0 ; # tax_rate can be NULL in DB
+        # Ordering
+        if ( $bookseller->{listincgst} ) {
+            $order->{rrp_tax_included} = $order->{rrp};
+            $order->{rrp_tax_excluded} = Koha::Number::Price->new(
+                $order->{rrp_tax_included} / ( 1 + $order->{tax_rate} ) )->round;
+            $order->{ecost_tax_included} = $order->{ecost};
+            $order->{ecost_tax_excluded} = Koha::Number::Price->new(
+                $order->{ecost} / ( 1 + $order->{tax_rate} ) )->round;
+        }
+        else {
+            $order->{rrp_tax_excluded} = $order->{rrp};
+            $order->{rrp_tax_included} = Koha::Number::Price->new(
+                $order->{rrp} * ( 1 + $order->{tax_rate} ) )->round;
+            $order->{ecost_tax_excluded} = $order->{ecost};
+            $order->{ecost_tax_included} = Koha::Number::Price->new(
+                $order->{ecost} * ( 1 + $order->{tax_rate} ) )->round;
+        }
+
+        #receiving
+        if ( $bookseller->{listincgst} ) {
+            $order->{unitprice_tax_included} = Koha::Number::Price->new( $order->{unitprice} )->round;
+            $order->{unitprice_tax_excluded} = Koha::Number::Price->new(
+              $order->{unitprice_tax_included} / ( 1 + $order->{tax_rate} ) )->round;
+        }
+        else {
+            $order->{unitprice_tax_excluded} = Koha::Number::Price->new( $order->{unitprice} )->round;
+            $order->{unitprice_tax_included} = Koha::Number::Price->new(
+              $order->{unitprice_tax_excluded} * ( 1 + $order->{tax_rate} ) )->round;
+        }
+
+        # If the order is received, the tax is calculated from the unit price
+        if ( $order->{orderstatus} eq 'complete' ) {
+            $order->{tax_value} = Koha::Number::Price->new(
+              ( $order->{unitprice_tax_included} - $order->{unitprice_tax_excluded} )
+              * $order->{quantity} )->round;
+        } else {
+            # otherwise the ecost is used
+            $order->{tax_value} = Koha::Number::Price->new(
+                ( $order->{ecost_tax_included} - $order->{ecost_tax_excluded} ) *
+                  $order->{quantity} )->round;
+        }
+
+        $sth_update_order->execute(
+            $order->{unitprice_tax_excluded},
+            $order->{unitprice_tax_included},
+            $order->{rrp_tax_excluded},
+            $order->{rrp_tax_included},
+            $order->{ecost_tax_excluded},
+            $order->{ecost_tax_included},
+            $order->{tax_value},
+            $order->{ordernumber},
+        );
+    }
+
+    print "Upgrade to $DBversion done (Bug 13321 - Tax and prices calculation need to be fixed)\n";
+    SetVersion($DBversion);
+}
+
+$DBversion = '16.06.00.043';
+if ( CheckVersion($DBversion) ) {
+    # Add the new columns
+    $dbh->do(q|
+        ALTER TABLE aqorders
+            ADD COLUMN tax_rate_on_ordering   decimal(6,4) default NULL AFTER tax_rate,
+            ADD COLUMN tax_rate_on_receiving  decimal(6,4) default NULL AFTER tax_rate_on_ordering,
+            ADD COLUMN tax_value_on_ordering  decimal(28,6) default NULL AFTER tax_value,
+            ADD COLUMN tax_value_on_receiving decimal(28,6) default NULL AFTER tax_value_on_ordering
+    |);
+
+    my $orders = $dbh->selectall_arrayref(q|
+        SELECT * FROM aqorders
+    |, { Slice => {} } );
+
+    my $sth_update_order = $dbh->prepare(q|
+        UPDATE aqorders
+        SET tax_rate_on_ordering = tax_rate,
+            tax_rate_on_receiving = tax_rate,
+            tax_value_on_ordering = ?,
+            tax_value_on_receiving = ?
+        WHERE ordernumber = ?
+    |);
+
+    require Koha::Number::Price;
+    for my $order (@$orders) {
+        my $tax_value_on_ordering =
+          $order->{quantity} *
+          $order->{ecost_tax_excluded} *
+          $order->{tax_rate};
+
+        my $tax_value_on_receiving =
+          ( defined $order->{unitprice_tax_excluded} )
+          ? $order->{quantity} * $order->{unitprice_tax_excluded} * $order->{tax_rate}
+          : undef;
+
+        $sth_update_order->execute( $tax_value_on_ordering,
+            $tax_value_on_receiving, $order->{ordernumber} );
+    }
+
+    # Remove the old columns
+    $dbh->do(q|
+        ALTER TABLE aqorders
+            CHANGE COLUMN tax_value tax_value_bak  decimal(28,6) default NULL,
+            CHANGE COLUMN tax_rate tax_rate_bak decimal(6,4) default NULL
+    |);
+
+    print "Upgrade to $DBversion done (Bug 13323 - Change the tax rate on receiving)\n";
+    SetVersion($DBversion);
+}
+
+$DBversion = '16.06.00.044';
+if ( CheckVersion($DBversion) ) {
+    $dbh->do(q{
+        ALTER TABLE `messages`
+        ADD `manager_id` int(11) NULL,
+        ADD FOREIGN KEY (`manager_id`) REFERENCES `borrowers` (`borrowernumber`) ON DELETE SET NULL;
+    });
+
+    print "Upgrade to $DBversion done (Bug 17397 - Show name of librarian who created circulation message)\n";
+    SetVersion($DBversion);
+}
+
+$DBversion = '16.06.00.045';
+if ( CheckVersion($DBversion) ) {
+    $dbh->do(q{
+        UPDATE systempreferences SET options = "now|dateexpiry|combination", explanation = "Set whether the borrower renewal date should be counted from the dateexpiry, from the current date or by combination: if the dateexpiry is in future use dateexpiry, else use current date " WHERE variable = "BorrowerRenewalPeriodBase";
+    });
+
+    print "Upgrade to $DBversion done (Bug 17443 - Make possible to renew patron by later of expiry and current date)\n";
+    SetVersion($DBversion);
+}
+
+$DBversion = '16.06.00.046';
+if ( CheckVersion($DBversion) ) {
+    $dbh->do(q{
+        ALTER TABLE issuingrules ADD COLUMN no_auto_renewal_after INT(4) DEFAULT NULL AFTER auto_renew;
+    });
+
+    print "Upgrade to $DBversion done (Bug 15581 - Add a circ rule to not allow auto-renewals after defined loan period)\n";
+    SetVersion($DBversion);
+}
+
+$DBversion = '16.06.00.047';
+if ( CheckVersion($DBversion) ) {
+    $dbh->do(q{
+        UPDATE language_descriptions SET description = 'Čeština' WHERE subtag = 'cs' AND type = 'language' AND lang = 'cs'
+    });
+
+    print "Upgrade to $DBversion done (Bug 17518: Displayed language name for Czech is wrong)\n";
+    SetVersion($DBversion);
+}
+
+$DBversion = '16.06.00.048';
+if( CheckVersion( $DBversion ) ) {
+    $dbh->do(q|
+        INSERT IGNORE INTO permissions (module_bit, code, description) VALUES
+        (13, 'upload_general_files', 'Upload any file'),
+        (13, 'upload_manage', 'Manage uploaded files');
+    |);
+
+    # Update user_permissions for current users (check count in uploaded_files)
+    # Note 9 == edit_catalogue and 13 == tools
+    # We do not insert if someone is superlibrarian, does not have edit_catalogue,
+    # or already has all tools
+    $dbh->do(q|
+        INSERT IGNORE INTO user_permissions (borrowernumber, module_bit, code)
+        SELECT borrowernumber, 13, 'upload_general_files'
+        FROM borrowers bo
+        WHERE flags<>1 AND flags & POW(2,13) = 0 AND
+            ( flags & POW(2,9) > 0 OR (
+                SELECT COUNT(*) FROM user_permissions
+                WHERE borrowernumber=bo.borrowernumber AND module_bit=9 ) > 0 )
+            AND ( SELECT COUNT(*) FROM uploaded_files ) > 0;
+    |);
+
+    SetVersion( $DBversion );
+    print "Upgrade to $DBversion done (Bug 17663 - Forgotten userpermissions)\n";
+}
+
+$DBversion = '16.06.00.049';
+if( CheckVersion( $DBversion ) ) {
+    $dbh->do(q|
+        INSERT IGNORE INTO systempreferences (variable,value,options,explanation,type) 
+        VALUES ('ReplytoDefault',  '',  NULL,  'The default email address to be set as replyto.',  'Free');
+    |);
+
+    $dbh->do(q|
+        INSERT IGNORE INTO systempreferences (variable,value,options,explanation,type)
+        VALUES ('ReturnpathDefault',  '',  NULL,  'The default email address to be set as return-path',  'Free');
+    |);
+
+    SetVersion( $DBversion );
+    print "Upgrade to $DBversion done (Bug 17391 - ReturnpathDefault and ReplyToDefault missing from syspref.sql)\n";
+}
+
+$DBversion = "16.06.00.050";
+if ( CheckVersion($DBversion) ) {
+
+    # If index issn_idx still exists, we assume that dbrev 3.15.00.049 failed,
+    # and we repeat it (partially).
+    # Note: the db rev only pertains to biblioitems and is not needed for
+    # deletedbiblioitems.
+
+    my $temp = $dbh->selectall_arrayref( "SHOW INDEXES FROM biblioitems WHERE key_name = 'issn_idx'" );
+
+    if( @$temp > 0 ) {
+        $dbh->do( "ALTER TABLE biblioitems DROP INDEX isbn" );
+        $dbh->do( "ALTER TABLE biblioitems DROP INDEX issn" );
+        $dbh->do( "ALTER TABLE biblioitems DROP INDEX issn_idx" );
+        $dbh->do( "ALTER TABLE biblioitems CHANGE isbn isbn MEDIUMTEXT NULL DEFAULT NULL, CHANGE issn issn MEDIUMTEXT NULL DEFAULT NULL" );
+        $dbh->do( "ALTER TABLE biblioitems ADD INDEX isbn ( isbn ( 255 ) ), ADD INDEX issn ( issn ( 255 ) )" );
+        print "Upgrade to $DBversion done (Bug 8835). Removed issn_idx.\n";
+    } else {
+        print "Upgrade to $DBversion done (Bug 8835). Everything is fine.\n";
+    }
+
+    SetVersion($DBversion);
+}
+
+$DBversion = "16.11.00.000";
+if ( CheckVersion($DBversion) ) {
+    print "Upgrade to $DBversion done (Koha 16.11)\n";
+    SetVersion($DBversion);
+}
+
+$DBversion = "16.12.00.000";
+if ( CheckVersion($DBversion) ) {
+    print "Upgrade to $DBversion done (Koha 16.12 - Our battered suitcases were piled on the sidewalk again; we had longer ways to go. But no matter, the road is life.)\n";
+    SetVersion($DBversion);
+}
+
+$DBversion = "16.12.00.001";
+if ( CheckVersion($DBversion) ) {
+    $dbh->do(q{
+        ALTER TABLE borrower_modifications
+        ADD COLUMN extended_attributes text DEFAULT NULL
+        AFTER privacy
+    });
+
+    print "Upgrade to $DBversion done (Bug 17767 - Let Koha::Patron::Modification handle extended attributes)\n";
+    SetVersion($DBversion);
+}
+
+$DBversion = '16.12.00.002';
+if ( CheckVersion($DBversion) ) {
+    unless (column_exists( 'branchtransfers', 'branchtransfer_id' )
+        and index_exists( 'branchtransfers', 'PRIMARY' ) )
+    {
+        $dbh->do(
+            "ALTER TABLE branchtransfers
+                 ADD COLUMN branchtransfer_id int(12) NOT NULL auto_increment FIRST, ADD CONSTRAINT PRIMARY KEY (branchtransfer_id);"
+        );
+    }
+
+    SetVersion($DBversion);
+    print "Upgrade to $DBversion done (Bug 14187 - branchtransfer needs a primary key (id) for DBIx and common sense.)\n";
+}
+
+$DBversion = '16.12.00.003';
+if ( CheckVersion($DBversion) ) {
+    $dbh->do(q{DELETE FROM systempreferences WHERE variable="Persona"});
+    SetVersion($DBversion);
+    print "Upgrade to $DBversion done (Bug 17486 - Remove 'Mozilla Persona' as an authentication method)\n";
+}
+
 # DEVELOPER PROCESS, search for anything to execute in the db_update directory
 # SEE bug 13068
 # if there is anything in the atomicupdate, read and execute it.
@@ -13392,12 +13796,13 @@ my $update_dir = C4::Context->config('intranetdir') . '/installer/data/mysql/ato
 opendir( my $dirh, $update_dir );
 foreach my $file ( sort readdir $dirh ) {
     next if $file !~ /\.(sql|perl)$/;  #skip other files
+    next if $file eq 'skeleton.perl'; # skip the skeleton file
     print "DEV atomic update: $file\n";
     if ( $file =~ /\.sql$/ ) {
         my $installer = C4::Installer->new();
         my $rv = $installer->load_sql( $update_dir . $file ) ? 0 : 1;
     } elsif ( $file =~ /\.perl$/ ) {
-        my $code = path( $update_dir . $file )->slurp_utf8;
+        my $code = read_file( $update_dir . $file );
         eval $code;
         say "Atomic update generated errors: $@" if $@;
     }